Akcja gry przenosi nas w czasy trzeciej krucjaty (rok 1191) do miast takich jak Jerozolima, Akka i Damaszek.
Kierujemy postacią asasyna znanego jako Altair, który rzucony zostaje w wir konfliktu pomiędzy krzyżowcami a muzułmanami. Rolą sekty asasynów w tej grze jest przeprowadzanie zamachów na ważne figury polityczne.